近期，中国科学院上海营养与健康研究所李虹研究组在《肝脏病学杂志》（Journal of Hepatology）上，发表了题为Single-cell and spatially resolved transcriptomics for liver biology的综述文章。该文章阐述了前沿的单细胞技术及空间组学技术，论述了这些技术在肝脏研究的前沿进展，总结归纳了相关计算生物学策略，并对未来的发展方向提出了新思考。
单细胞转录组测序（single-cell RNA sequencing）与空间组学（spatially resolved techniques）作为新兴技术，被越来越多地运用于肝脏研究，推动了肝脏领域的发展。随着肝脏单细胞及空间数据的积累，计算生物学分析策略和工具不断丰富和完善，并展现出多元特征。多样化的实验及分析方案加快了肝脏研究的进程，但为设计目的导向型的单细胞或空间组学实验及策略提出了新挑战。
单细胞以及空间组学技术在肝脏研究中的常见应用场景及总体分析思路
该文章介绍了多种前沿单细胞组学实验技术和空间组学实验技术并总结了常见的应用场景，剖析了这些新兴技术应用于肝脏样本可能产生的问题及潜在的实验或计算生物学解决方案。该文章按照肝脏生物学研究子领域，介绍了单细胞技术及空间组学技术应用于肝稳态维持、肝脏发育、肝再生、非酒精性脂肪肝病及肝癌的研究，重点阐述了这些新兴技术在肝脏单细胞图谱构建、罕见细胞类型识别、疾病相关细胞亚型鉴定、细胞轨迹重塑和细胞状态转变关键因子挖掘、细胞间相互作用、肝脏空间结构解析、潜在药靶挖掘等方面的前沿进展，提出了当前单细胞及空间组学技术在肝脏领域应用存在的挑战及未来可能的发展方向。该文章为了解单细胞及空间组学技术在肝脏领域中的应用提供了途径，有利于把握单细胞及空间组学新兴技术的核心分析思路，系统了解细胞亚群和空间结构在肝脏发育、再生和疾病中的作用，为设计针对肝脏生物学问题需求的单细胞或空间组学实验及分析策略提供了灵感。
研究工作得到国家重点研发计划和国家自然科学基金等的支持。
